Статті з біології та науки про життя: малюнки, багатопанельні пластини та співавтори

Наукові рукописи про життя є перш за все фігурами. Рецензенти переглядають тарілку, перш ніж вони читайте свою прозу, тож фігура має висловлювати претензію, не махаючи рукою підпис. LaTeX чудово справляється з цим, якщо ви ставитесь до фігур як до першокласних файли проекту замість того, що ви вставляєте о 2:00 до доповнення крайній термін.

Групи мокрих лабораторій і обчислювальних груп стикаються з однаковими проблемами: панелі без спільного використання масштабні шкали, артефакти JPEG на помарках, додатки, які не компілюються, і десяток співавторів редагують один абзац. Нижче наведено те, що насправді працює.

Багатопанельні фігури

Рецензенти очікують (a)(b)(c) панелей під одним підписом. Ви можете:

1. Створіть платівку за межами TeX (Illustrator, Inkscape, експорт Fiji) і відпустіть в одному файлі PDF або PNG, або
2. Зберіть у TeX із subcaption, коли кожна панель є окремим файлом:

\usepackage{subcaption}
\begin{figure}[htbp]
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{a.pdf}
    \caption{Control}\label{fig:exp-a}
  \end{subfigure}\hfill
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{b.pdf}
    \caption{Treatment}\label{fig:exp-b}
  \end{subfigure}
  \caption{Overall experiment.}\label{fig:exp}
\end{figure}

Посилайтеся на панелі як Рисунок~\ref{fig:exp}a в тексті, лише якщо стиль журналу дозволяє це. Багато закладів віддають перевагу «Рисунок 2A» із застосуванням однієї схеми всюди. Більше про цей шаблон: панелі a, b, c.

Послідовно назвіть файли (fig03_western_a.pdf), щоб ніхто не вигадував final_gel_NEW.png тиждень подання.

Роздільна здатність, колір і формати файлів

Зберігайте архіви мікроскопії у форматі TIFF або PDF з високою роздільною здатністю. Для паперового PDF використовуйте векторну графіку для схем і PNG/PDF із достатньою точкою на дюйм растрові дані. Пропустіть анотації та гелі у форматі JPEG. Артефакти стиснення читати як неохайну науку, навіть якщо експеримент вдасться.

Перевірте тарифи на колір і правила друку, перш ніж створювати палітру з шести кольорів працює лише на каліброваному моніторі. Деякі журнали хочуть CMYK; інші перетворюють погано, не питаючи. Коли вони запитують версії ключа, безпечні для відтінків сірого цифри, дайте їм ті.

Розмістіть масштабні шкали та одиниці інтенсивності на панелі, а не тільки в підписі. Якщо збереглися фігури виробничих макетів, вбудовані шкали; примітки лише з підписами часто ні.

Схеми проти панелей даних

Тримайте “картина шляху” окремо від “кількісного визначення плями”. Мультфільми можуть бути TikZ або зовнішньою векторною графікою. Панелі даних повинні бути поруч експорт аналізу, щоб ви могли повторно створити їх, коли рецензент захоче a різна нормалізація. Зверніть увагу на шлях до сценарію аналізу в примітках до підпису або a додаток для відтворюваності, якщо це дозволяє журнал.

Доповнення, які все ще компілюються

Величезні столи, додаткові гелі та кадри з фільмів належать до свого власного доповнення документ або чіткий додаток. Кілька правил, які рятують від головного болю:

Мітки мають бути унікальними, якщо основний і додатковий компілюються спільно. Якщо вони є окремі проекти, напишіть «Рисунок S3» простим текстом і не покладайтеся на \ref у PDF-файлах. Зберігайте короткий список тверджень основного тексту, на що вказують доповнюйте елементи, щоб нічого не дрейфував.

Додаток, який не складає тиждень подання, все ще є вашим проблема, навіть якщо основний PDF-файл виглядає чистим.

Багатоавторський хаос

Статті з біології часто мають багато співавторів з різними рівнями навичок LaTeX. Власний файли за розділами (results.tex, methods.tex, figs.tex), злиття через Git і вирішіть, хто підтримує .bib (одна особа чи спільна група Zotero експорт).

Локальну папку проекту легше заархівувати для співавтора, ніж хмару проект, до якого вони втрачають доступ після закінчення навчання. Справжня історія Git перемагає електронну пошту вкладення під назвою manuscript_JM_edits_FINAL.docx, які хтось перетворює назад до TeX вручну. Контрольна точка після успішної компіляції; відновити під час злиття йде не так; мати приватний пульт.

Якщо деякі співавтори редагують лише Word, експортуйте для них DOCX або PDF і збережіть .tex як джерело правди. див співавтори, які розмовляють лише Word.

Методи та статистичні позначення

Визначте статистичні макроси один раз, щоб p-значення не відображалися одночасно як $p$ і p= у тій же статті:

\newcommand{\pvalue}[1]{$p = #1$}
\newcommand{\ci}[2]{95\% CI $[#1, #2]$}

Вкажіть тест, n і поправку множинного порівняння в методах або таблиці примітки, а не лише в легенді фігури, яка обрізається під час виробництва. Щільний статті мають короткий список нотацій. Перевірка посилання/цитування в реальному часі a Дослідницький редактор вловлює \ref до видаленої панелі раніше, ніж рецензент.

Підписи, які містять претензію

Хороший підпис говорить про те, що було виміряно, у якій системі та що зчитувач повинен помітити. Уникайте «Переглянути текст». Не скидайте методи в підпис, що належать до розділу методів. Панельні літери (жирний шрифт або круглі дужки) повинні відповідають стилю будинку.

Контрольний список фігур перед поданням

Перш ніж натиснути «Надіслати», пройдіться один раз по фігурах:

• Кожна основна цифра цитується в порядку (або будь-якому іншому порядку, який дозволяє журнал).
• Панелі марковані; шкали, де вони важливі.
• Відсутність безладу JPEG на кількісних панелях.
• Доповнення компілює; S-номера не перетасовувалися.
• Перевірено політику кольору; розміри файлів під обмеженнями порталу.
• Вихідні зображення та сценарії все ще можна знайти в архіві проекту чи лабораторії.

Вестерни, гелі та контраст

Не надто обробляйте блоти для PDF-файлу. Журнали та читачі стежать за контрастом ігри. Зберігайте необроблені файли в архіві лабораторії та відправляйте панелі, які відповідають тому, що використана кількісна оцінка. Якщо ви змінюєте порядок панелей, оновіть кожну текстову панель лист того ж дня, а не «пізніше».

Фільми та інтерактивні додатки

Коли в щоденнику дозволено переглядати фільми, розмістіть їх так, як вони навчають, і розмістіть все ще плюс підпис у PDF. Не покладайтеся на особисте хмарне посилання, яке помирає після закінчення навчання.

Цифри є основою цих документів. LaTeX — це лише каркас. Переконайтесь кадр - це не те, що провалюється ввечері перед подачею.