أوراق علم الأحياء وعلوم الحياة: الأشكال، واللوحات المتعددة، والمؤلفون المشاركون

مخطوطات علوم الحياة هي الشكل الأول. المراجعين يقشطون اللوحة قبلهم اقرأ نثرك، لذا يجب على الشكل أن يحمل ادعاءك دون التلويح باليد التسمية التوضيحية. يتعامل LaTeX مع هذه المشكلة بشكل جيد إذا كنت تعامل الأرقام على أنها من الدرجة الأولى ملفات المشروع بدلاً من شيء تقوم بلصقه في الساعة 2 صباحًا قبل الملحق الموعد النهائي.

واجهت مجموعات Wet-lab والمجموعات الحسابية نفس الفوضى: لوحات بدون مشاركة أشرطة النطاق، وعناصر JPEG على البقع، والمكملات التي تفشل في التجميع، و عشرات المؤلفين المشاركين يقومون بتحرير فقرة واحدة. وفيما يلي ما يعمل في الواقع.

شخصيات متعددة الألواح

يتوقع المراجعون وجود لوحات (أ) (ب) (ج) تحت تسمية توضيحية واحدة. يمكنك إما:

1. أنشئ اللوحة خارج TeX (تصدير Illustrator وInkscape وFiji) ثم أسقطها في ملف PDF أو PNG واحد، أو
2. قم بالتجميع في TeX مع “تسمية توضيحية فرعية” عندما تكون كل لوحة عبارة عن ملف خاص بها:

\usepackage{subcaption}
\begin{figure}[htbp]
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{a.pdf}
    \caption{Control}\label{fig:exp-a}
  \end{subfigure}\hfill
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{b.pdf}
    \caption{Treatment}\label{fig:exp-b}
  \end{subfigure}
  \caption{Overall experiment.}\label{fig:exp}
\end{figure}

قم بالإشارة إلى اللوحات بالشكل ~\ref{fig:exp}a في النص فقط إذا كان نمط المجلة يسمح بذلك. تفضل الكثير من الأماكن “الشكل 2أ” مع تطبيق مخطط واحد في كل مكان. المزيد عن هذا النمط: اللوحات أ، ب، ج.

قم بتسمية الملفات بشكل متسق (fig03_western_a.pdf) حتى لا يخترعها أحد final_gel_NEW.png أسبوع التقديم.

الدقة واللون وتنسيقات الملفات

احتفظ بأرشيفات الفحص المجهري بتنسيق TIFF أو PDF عالي الدقة. بالنسبة للورقة PDF في حد ذاته، استخدم الرسومات المتجهة للخطط وPNG/PDF بدقة كافية لكل بوصة البيانات النقطية. تخطي JPEG على التعليقات التوضيحية والمواد الهلامية على الخط. التحف الضغط يُقرأ على أنه علم غير دقيق حتى عندما تكون التجربة جيدة.

تحقق من رسوم الألوان وقواعد الطباعة قبل تصميم لوحة ألوان مكونة من ستة ألوان يعمل فقط على شاشتك المعايرة. بعض المجلات تريد CMYK؛ الآخرين تحويل بشكل سيء دون أن يسأل. عندما يطلبون إصدارات آمنة للتدرج الرمادي من المفتاح الأرقام، ومنحهم تلك.

ضع أشرطة المقياس ووحدات الكثافة على اللوحة، وليس فقط في التسمية التوضيحية. إذا أرقام إعادة تخطيطات الإنتاج، وتبقى أشرطة النطاق المدمجة؛ ملاحظات توضيحية فقط في كثير من الأحيان لا تفعل ذلك.

المخططات مقابل لوحات البيانات

أبقِ “كرتون المسار” منفصلاً عن “القياس الكمي للبقعة”. يمكن أن تكون الرسوم الكاريكاتورية TikZ أو فن ناقل خارجي. يجب أن تظل لوحات البيانات قريبة من تصدير التحليل حتى تتمكن من إعادة إنشائه عندما يريد المراجع التطبيع مختلفة. لاحظ مسار البرنامج النصي للتحليل في ملاحظات التسمية التوضيحية أو أ ملحق الاستنساخ عندما تسمح المجلة بذلك.

المكملات الغذائية التي لا تزال قيد التجميع

تنتمي الطاولات الكبيرة والمواد الهلامية الإضافية ولقطات الأفلام إلى ملحق خاص بها وثيقة أو ملحق واضح. بعض القواعد التي تنقذ الصداع:

يجب أن تكون التسميات فريدة إذا كانت التسميات الرئيسية والملحقة تشتركان في ترجمة واحدة. إذا كانوا كذلك مشاريع منفصلة، اكتب “الشكل S3” بنص عادي ولا تعتمد على \ref عبر ملفات PDF. احتفظ بقائمة قصيرة تتضمن مطالبات النص الرئيسي التي تشير إليها تكملة العناصر، لذلك لا شيء ينجرف.

الملحق الذي لا يجمع أسبوع التقديم لا يزال خاصًا بك المشكلة، حتى عندما يبدو ملف PDF الرئيسي نظيفًا.

فوضى متعددة المؤلفين

غالبًا ما تحتوي أوراق علم الأحياء على العديد من المؤلفين المشاركين بمستويات مختلفة من مهارات LaTeX. الخاصة الملفات حسب القسم (results.tex، methods.tex، Figs.tex)، دمجها من خلال Git، وحدد من الذي يحتفظ بـ “.bib” (شخص واحد أو مجموعة Zotero مشتركة تصدير).

يعد ضغط مجلد المشروع المحلي أسهل للمتعاون من السحابة المشروع الذي يفقدون الوصول إليه بعد التخرج. تاريخ Git الحقيقي يتفوق على البريد الإلكتروني المرفقات المسماة manuscript_JM_edits_FINAL.docx والتي يقوم شخص ما بتحويلها مرة أخرى إلى TeX يدويًا. نقطة تفتيش بعد عمليات التجميع الناجحة؛ استعادة عند الدمج يحدث خطأ؛ احتفظ بجهاز تحكم عن بعد خاص.

إذا قام بعض المؤلفين المشاركين بتحرير Word فقط، فقم بتصدير DOCX أو PDF لهم واحتفظ بـ tex كمصدر للحقيقة. انظر المؤلفون المشاركون الذين يتحدثون Word فقط.

تدوين الأساليب والإحصائيات

حدد وحدات الماكرو الإحصائية مرة واحدة حتى لا تظهر القيم الاحتمالية على شكل $p$ و p= في نفس الورقة:

\newcommand{\pvalue}[1]{$p = #1$}
\newcommand{\ci}[2]{95\% CI $[#1, #2]$}

اذكر الاختبار وn وتصحيح المقارنات المتعددة في الطرق أو الجدول الملاحظات، ليس فقط في أسطورة الشكل التي يتم اقتصاصها في الإنتاج. كثيفة تستفيد الأوراق من قائمة تدوين قصيرة. المرجع المباشر/الاقتباس التحقق من أ يلتقط محرر البحث \ref للوحة المحذوفة قبل أن يفعل المراجع ذلك.

التسميات التوضيحية التي تحمل المطالبة

يوضح التعليق الجيد ما تم قياسه، وفي أي نظام، وما هو القارئ يجب أن تلاحظ. تجنب “رؤية النص”. لا تقم بتفريغ الأساليب في التسمية التوضيحية التي تنتمي إلى قسم الأساليب. ينبغي أن تكون الحروف لوحة (غامقة أو بين قوسين). تطابق نمط المنزل.

قائمة مرجعية للأرقام قبل التقديم

قبل أن تضغط على إرسال، قم بالتعرف على الأرقام مرة واحدة:

• كل شخصية رئيسية مذكورة بالترتيب (أو أي ترتيب تسمح به المجلة).
• لوحات وصفت؛ أشرطة النطاق حيثما يهم.
• لا توجد فوضى بتنسيق JPEG على اللوحات الكمية.
• ملحق يجمع. لم يتم تعديل أرقام S.
• فحص سياسة الألوان؛ أحجام الملفات ضمن حدود البوابة.
• لا يزال من الممكن العثور على الصور والنصوص المصدرية في أرشيف المشروع أو المختبر.

الغرب والمواد الهلامية والتباين

لا تقم بالإفراط في معالجة البقع لملف PDF. المجلات والقراء يراقبون التباين ألعاب. احتفظ بالملفات الأولية في أرشيف المختبر وقم بشحن اللوحات التي تطابق ما الكمي المستخدمة. إذا قمت بإعادة ترتيب اللوحات، فقم بتحديث كل لوحة داخل النص رسالة في نفس اليوم، وليس “في وقت لاحق”.

أفلام وملاحق تفاعلية

عندما تسمح المجلة بالأفلام، استضفهم بالطريقة التي يعلمون بها ويضعون لا يزال بالإضافة إلى التسمية التوضيحية في PDF. لا تعتمد على الارتباط السحابي الشخصي الذي يموت بعد التخرج.

الأرقام هي العمود الفقري لهذه الأوراق. LaTeX هو مجرد الإطار. تأكد الإطار ليس هو ما يفشل في الليلة السابقة للتقديم.