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生物学和生命科学论文：图表、多面板和合著者

用于湿实验室和计算生物学的实用 LaTeX：多面板图形、分辨率、补充、统计符号和协作，而不会相互覆盖。

生命科学手稿以图形为先。审稿人在审阅之前先浏览一下盘子 读你的散文，所以人物必须在不挥手的情况下表达主张 标题。如果你把数字视为一流的话，LaTeX 就能很好地处理这个问题 项目文件，而不是凌晨 2 点补充之前粘贴的内容 截止日期。

湿实验室和计算小组遇到了同样的混乱：面板没有共享 比例尺、印迹上的 JPEG 伪影、无法编译的补充以及 十几位合著者编辑一个段落。下面是实际有效的。

多面板图形

审稿人期望在一个标题下有 (a)(b)(c) 个小组。您可以：

  1. 在 TeX 之外构建板（Illustrator、Inkscape、Fiji 导出）并删除 在单个 PDF 或 PNG 中，或者
  2. 当每个面板都是自己的文件时，在 TeX 中使用 subcaption 进行组装：
\usepackage{subcaption}
\begin{figure}[htbp]
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{a.pdf}
    \caption{Control}\label{fig:exp-a}
  \end{subfigure}\hfill
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{b.pdf}
    \caption{Treatment}\label{fig:exp-b}
  \end{subfigure}
  \caption{Overall experiment.}\label{fig:exp}
\end{figure}

仅当期刊样式时，才可在文本中参考如图~\ref{fig:exp}a 所示的面板 允许它。许多场馆更喜欢采用一种方案的“图 2A” 无处不在。关于该模式的更多信息： 面板 a、b、c。

一致地命名文件（fig03_western_a.pdf），这样就没有人发明 final_gel_NEW.png 提交周。

分辨率、颜色和文件格式

将显微镜档案保存为高分辨率 TIFF 或 PDF。对于纸质 PDF 本身，使用矢量图形原理图和足够 dpi 的 PNG/PDF 栅格数据。在线注释和凝胶上跳过 JPEG。压缩伪影 即使实验很好，也被视为草率的科学。

在设计六色调色板之前检查颜色费用和打印规则 仅适用于已校准的显示器。有些期刊需要 CMYK；有些期刊需要 CMYK；有些期刊需要 CMYK。其他人转换 不问就坏了。当他们请求密钥的灰度安全版本时 数字，给他们那些。

将比例尺和强度单位放在面板上，而不仅仅是在标题中。如果 生产重新布局数字，嵌入式比例尺得以保留；仅标题注释 通常不会。

原理图与数据面板

将“通路卡通”与“印迹定量”分开。 卡通可以是 TikZ 或外部矢量艺术。数据面板应靠近 分析导出，以便您可以在审阅者需要时重新生成它们 不同的标准化。请注意标题注释中的分析脚本路径或 当期刊允许时，可重复性补充。

仍然可以编译的补充

巨大的桌子、额外的凝胶和电影剧照都属于有自己的补充品 文件或明确的附录。一些可以避免头痛的规则：

如果主文件和补充文件共享一个编译，标签必须是唯一的。如果他们是 单独的项目，用纯文本编写“图S3”并且不依赖\ref 跨 PDF。保留一个简短的列表，列出主要文本声明所指向的内容 补充物品，所以没有任何漂移。

未编译提交周数的补充仍然是您的 即使主 PDF 看起来很干净，也会出现问题。

多作者混乱

生物学论文通常有许多具有不同 LaTeX 技能水平的合著者。拥有 按部分（results.tex、methods.tex、figs.tex）的文件，合并 Git，并决定谁维护.bib（一个人或一个共享的 Zotero 组） 出口）。

对于协作者来说，本地项目文件夹比云更容易压缩 他们毕业后就失去了参与项目的机会。真正的 Git 历史胜过电子邮件 有人转换回来的名为“manuscript_JM_edits_FINAL.docx”的附件 手动转换为 TeX。编译成功后检查点；合并时恢复 出问题了；保留私人遥控器。

如果某些合著者只编辑 Word，请为他们导出 DOCX 或 PDF 并保留“.tex” 作为真理的来源。参见 只讲 Word 的合著者。

方法和统计符号

定义一次统计宏，这样 p 值就不会同时显示为“$p$”和 同一篇论文中的“p=”：

\newcommand{\pvalue}[1]{$p = #1$}
\newcommand{\ci}[2]{95\% CI $[#1, #2]$}

在方法或表格中说明检验、n 和多重比较校正 注释，不仅在生产中被裁剪的人物图例中。密集 论文受益于简短的符号列表。实时引用/引用检查 研究编辑在审阅者之前捕获已删除面板的“\ref”。

带有声明的标题

一个好的标题说明了测量的内容、在什么系统中以及读者的目的 应该注意。避免“查看文字”。不要将方法转储到标题中 属于方法部分。面板字母（粗体或括号）应 匹配房屋风格。

提交前图表清单

在点击提交之前，先遍历一下数字：

  • 按顺序引用的每个主要人物（或期刊允许的任何顺序）。
  • 面板贴有标签；重要的比例尺。
  • 定量面板上没有 JPEG 混乱。
  • 补充编译； S号尚未重新洗牌。
  • 检查颜色政策；门户限制下的文件大小。
  • 源图像和脚本仍然可以在项目或实验室档案中找到。

西部片、凝胶和对比

不要过度处理 PDF 的印迹。期刊和读者注意对比 游戏。将原始文件保存在实验室存档中，并发送与实际情况相匹配的面板 使用的量化。如果重新排列面板，请更新每个文本内面板 当天写信，而不是“稍后”。

电影和互动补充品

当期刊允许播放电影时，按照他们的指导方式托管它们，并放置 仍然在 PDF 中添加标题。不要依赖个人云链接 毕业后去世。

数字是这些论文的支柱。 LaTeX 只是框架。确保 框架并不是提交前一天晚上失败的。

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