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生物学および生命科学の論文: 図、マルチパネルプレート、および共著者

ウェットラボおよび計算生物学のための実用的な LaTeX: マルチパネル図、解像度、補足、統計表記、および相互に上書きすることなくコラボレーション。

生命科学の原稿は図が第一です。査読者は事前にざっと目を通す あなたの散文を読んでください、そうすれば人物は手を振らずに主張を伝える必要があります キャプション。図を一流のものとして扱う場合、LaTeX はこれをうまく処理します 補足前の午前 2 時に貼り付けるものではなく、プロジェクト ファイル 締め切り。

ウェットラボと計算グループは同じ混乱に見舞われます: 共有されていないパネル スケール バー、ブロット上の JPEG アーティファクト、コンパイルに失敗したサプリメント、 10 人の共著者が 1 つの段落を編集しています。以下は実際に動作するものです。

マルチパネルフィギュア

査読者は、1 つのキャプションの下に (a)(b)(c) のパネルがあることを期待します。次のいずれかを行うことができます。

  1. TeX の外部 (Illustrator、Inkscape、Fiji エクスポート) でプレートを構築し、ドロップします 単一の PDF または PNG、または
  2. 各パネルが独自のファイルである場合は、subcaption を使用して TeX でアセンブルします。
\usepackage{subcaption}
\begin{figure}[htbp]
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{a.pdf}
    \caption{Control}\label{fig:exp-a}
  \end{subfigure}\hfill
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{b.pdf}
    \caption{Treatment}\label{fig:exp-b}
  \end{subfigure}
  \caption{Overall experiment.}\label{fig:exp}
\end{figure}

ジャーナル スタイルの場合のみ、テキスト内でパネルを Figure~\ref{fig:exp}a として参照します。 それを許可します。多くの会場は、1 つのスキームを適用した「図 2A」を好みます どこでも。そのパターンの詳細: パネル a、b、c。

ファイルに一貫した名前を付ける (「fig03_western_a.pdf」) ので、誰も発明しないようにすることができます。 final_gel_NEW.png 提出週。

解像度、色、ファイル形式

顕微鏡アーカイブを高解像度の TIFF または PDF として保存します。紙のPDFの場合 それ自体は、回路図にはベクター グラフィックスを使用し、十分な dpi で PNG/PDF を使用します。 ラスターデータ。ライン注釈とゲルでは JPEG をスキップします。圧縮アーティファクト たとえ実験がうまくいっていても、ずさんな科学として読まれます。

6 色パレットをデザインする前に、色料金と印刷ルールを確認してください。 調整されたモニターでのみ機能します。ジャーナルによっては CMYK を必要とするものもあります。他の人が変換する 尋ねずにひどく。グレースケールセーフバージョンのキーを要求する場合 数字をあげてください。

キャプションだけでなく、パネルにもスケール バーと強度単位を配置します。もし 生産再レイアウト図、埋め込みスケールバーは存続します。キャプションのみのメモ そうでないこともよくあります。

回路図とデータのパネル

「経路の漫画」を「ブロットの定量化」から切り離してください。 漫画は TikZ または外部ベクター アートにすることができます。データパネルは近くに置く必要があります 分析をエクスポートすると、レビュー担当者が必要なときに分析を再生成できます。 異なる正規化。キャプションのメモまたは ジャーナルが許可する場合、再現性の補足。

まだコンパイル可能な補足

巨大なテーブル、追加のジェル、映画の静止画は、独自のサプリメントに含まれています。 文書または明確な付録。頭痛の種を避けるためのいくつかのルール:

メインとサプリメントが 1 つのコンパイルを共有する場合、ラベルは一意である必要があります。もしそうなら 別のプロジェクト、「図 S3」をプレーン テキストで記述し、\ref に依存しないでください。 PDF 間で。どの本文の主張がどの主張を指しているのか、短いリストを作成してください。 補充アイテムなので、何も漂いません。

提出週をまとめていないサプリメントでも、引き続きあなたのものとなります。 たとえメインの PDF がきれいに見えたとしても、この問題は発生します。

複数の著者による混乱

生物学の論文には、さまざまな LaTeX スキル レベルの多くの共著者がいることがよくあります。自分の セクションごとのファイル (results.tex、methods.tex、figs.tex)、マージ Git を使用し、.bib を管理する人 (1 人または共有 Zotero グループ) を決定します。 輸出）。

共同作業者にとって、ローカル プロジェクト フォルダーはクラウドよりも簡単に圧縮できます。 卒業後にアクセスできなくなるプロジェクト。実際の Git の歴史は電子メールを上回る 誰かが変換して戻した「manuscript_JM_edits_FINAL.docx」という名前の添付ファイル 手動で TeX に変換します。コンパイルが成功した後のチェックポイント。マージ時に復元する うまくいかない。プライベートリモコンを保管してください。

Word のみを編集する共著者がいる場合は、その人のために DOCX または PDF をエクスポートし、.tex を保持します。 真実の情報源として。参照 Word のみを話す共著者。

メソッドと統計の表記法

統計マクロを一度定義すると、p 値が $p$ と の両方として表示されなくなります。 同じ論文の「p=」:

\newcommand{\pvalue}[1]{$p = #1$}
\newcommand{\ci}[2]{95\% CI $[#1, #2]$}

テスト、n、および多重比較補正をメソッドまたはテーブルに記述します。 これは、本番環境で切り取られる図の凡例だけではありません。密集 論文は短い表記リストから恩恵を受けます。ライブ参照/引用チェックイン 研究編集者は、査読者よりも前に、削除されたパネルへの \ref をキャッチします。

主張を伝えるキャプション

適切なキャプションには、何が、どのシステムで測定され、読者が何を測定したかが記載されています。 気づくべきだ。 「テキストを参照」は避けてください。キャプションにメソッドをダンプしないでください。 メソッドセクションに属します。パネル文字 (太字または括弧) は次のようになります。 家のスタイルにマッチします。

提出前の図のチェックリスト

送信をクリックする前に、数値を 1 回実行してください。

  • すべての主要人物は順番に引用されています (またはジャーナルが許可する順序)。
  • パネルにラベルが付けられています。重要な箇所にはスケールバーを表示します。
  • 定量パネルでの JPEG の混乱はありません。
  • 補足コンパイル。 Sナンバーは再シャッフルされていない。
  • カラーポリシーがチェックされています。ポータルの制限内のファイル サイズ。
  • ソース イメージとスクリプトは、プロジェクトまたはラボのアーカイブで引き続き見つけることができます。

ウエスタン、ジェル、コントラスト

PDF のしみを過度に処理しないでください。ジャーナルと読者はコントラストに注目する ゲーム。生のファイルをラボのアーカイブに保存し、内容と一致するパネルを出荷します。 定量化が使用されます。パネルを再配置する場合は、すべてのテキスト内パネルを更新します 「後で」ではなく、同日に手紙を書きます。

映画とインタラクティブなサプリメント

ジャーナルで映画が許可されている場合は、ジャーナルの指示に従ってホストし、 PDF にはまだキャプションが付いています。パーソナルクラウドリンクに依存しないでください。 卒業後に亡くなる。

図はこれらの論文のバックボーンです。 LaTeX は単なるフレームです。必ず確認してください フレームは提出前夜に失敗するものではありません。

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