Статьи по биологии и наукам о жизни: рисунки, многопанельные иллюстрации и соавторы

В рукописях по наукам о жизни на первом месте стоят цифры. Рецензенты просматривают тарелку, прежде чем читай свою прозу, так фигура должна нести претензию не размахивая руками подпись. LaTeX прекрасно справляется с этой задачей, если вы относитесь к цифрам как к первоклассным. файлы проекта вместо того, что вы вставляете в 2 часа ночи перед дополнением срок.

Мокрая лаборатория и вычислительные группы столкнулись с одними и теми же проблемами: панели без общего доступа. масштабные линейки, артефакты JPEG на пятнах, дополнения, которые не удалось скомпилировать, и дюжина соавторов редактируют один абзац. Ниже описано, что на самом деле работает.

Многопанельные фигуры

Рецензенты ожидают, что панели (a)(b)(c) будут расположены под одним заголовком. Вы можете:

1. Создайте пластину вне TeX (Illustrator, Inkscape, экспорт Фиджи) и перетащите в одном PDF или PNG или
2. Ассемблируем в TeX с subcaption, когда каждая панель представляет собой отдельный файл:

\usepackage{subcaption}
\begin{figure}[htbp]
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{a.pdf}
    \caption{Control}\label{fig:exp-a}
  \end{subfigure}\hfill
  \begin{subfigure}{0.48\textwidth}
    \includegraphics[width=\linewidth]{b.pdf}
    \caption{Treatment}\label{fig:exp-b}
  \end{subfigure}
  \caption{Overall experiment.}\label{fig:exp}
\end{figure}

Ссылайтесь на панели как Рисунок~\ref{fig:exp}a в тексте, только если стиль журнала позволяет это. Многие заведения предпочитают «Рисунок 2А» с применением одной схемы. везде. Подробнее об этом шаблоне: панели a, b, c.

Называйте файлы последовательно (fig03_western_a.pdf), чтобы никто не придумывал final_gel_NEW.png неделя подачи.

Разрешение, цвет и форматы файлов

Храните архивы микроскопии в формате TIFF или PDF с высоким разрешением. Для бумажного PDF используйте векторную графику для схем и PNG/PDF с достаточным разрешением для растровые данные. Пропустите онлайн-аннотации и гели в формате JPEG. Артефакты сжатия воспринимайте как неряшливую науку, даже если эксперимент удался.

Прежде чем создавать шестицветную палитру, проверьте стоимость цвета и правила печати. работает только на вашем откалиброванном мониторе. Некоторым журналам нужен CMYK; другие конвертируют плохо, не спрашивая. Когда они запрашивают версии ключа, безопасные в оттенках серого цифры, дайте им их.

Размещайте масштабные шкалы и единицы интенсивности на панели, а не только в подписи. Если фигуры перепланировки производства, встроенные масштабные линейки сохранились; заметки только для подписей часто этого не делают.

Схемы и панели данных

Держите «картинку пути» отдельно от «количественной оценки пятна». Мультфильмы могут быть TikZ или внешней векторной графикой. Панели данных должны находиться рядом с экспорт анализа, чтобы вы могли восстановить их, когда рецензент захочет разная нормализация. Обратите внимание на путь к сценарию анализа в заголовке или дополнение к воспроизводимости, если это разрешено журналом.

Дополнения, которые все еще компилируются

Гигантские таблицы, дополнительные гели и кадры из фильмов входят в приложение с собственными документ или четкое приложение. Несколько правил, которые избавят от головной боли:

Метки должны быть уникальными, если основная и дополнительная компиляция используются в одной компиляции. Если они отдельные проекты, пишите «Рисунок S3» обычным текстом и не полагайтесь на \ref в PDF-файлах. Ведите краткий список утверждений в основном тексте, на которых дополняйте предметы, чтобы ничего не смещалось.

Приложение, в котором не учитывается неделя подачи, по-прежнему остается вашим. проблема, даже если основной PDF-файл выглядит чистым.

Хаос с несколькими авторами

Статьи по биологии часто имеют много соавторов с разными уровнями владения LaTeX. Собственный файлы по разделам (results.tex, methods.tex, figs.tex), объединять через Git и решите, кто будет поддерживать .bib (один человек или общая группа Zotero). экспорт).

Соавтору проще заархивировать локальную папку проекта, чем облако. проект, к которому они теряют доступ после окончания учебы. Реальная история Git превосходит электронную почту вложения с именем manuscript_JM_edits_FINAL.docx, которые кто-то конвертирует обратно в TeX вручную. Контрольная точка после успешной компиляции; восстановить при слиянии идет не так; держите личный пульт.

Если некоторые соавторы редактируют только Word, экспортируйте для них DOCX или PDF и сохраните .tex как источник истины. См. соавторы, говорящие только на Word.

Методы и запись статистики

Определите статистические макросы один раз, чтобы значения p не отображались одновременно как $p$ и как $p$. p= в той же статье:

\newcommand{\pvalue}[1]{$p = #1$}
\newcommand{\ci}[2]{95\% CI $[#1, #2]$}

Укажите критерий, n и поправку множественного сравнения в методах или таблице. примечания, не только в подписях к рисункам, которые обрезаются в процессе производства. Плотный статьи выигрывают от краткого списка обозначений. Живая проверка ссылок/цитатов в Редактор исследований улавливает \ref на удаленную панель раньше, чем это сделает рецензент.

Подписи, содержащие претензию

Хорошая подпись сообщает, что было измерено, в какой системе и что читатель должен заметить. Избегайте фразы «Просмотреть текст». Не выбрасывайте в заголовок методы, которые принадлежат разделу методов. Буквы на панели (жирным шрифтом или в скобках) должны соответствовать стилю дома.

Контрольный список фигур перед отправкой

Прежде чем нажать «Отправить», пройдитесь по фигурам один раз:

• Все основные цифры приводятся по порядку (или в любом порядке, разрешенном журналом).
• Панели с маркировкой; масштабные линейки там, где они имеют значение.
• Никакой путаницы с JPEG на количественных панелях.
• Дополнение компилирует; S-номера не менялись.
• Цветовая политика проверена; размеры файлов в пределах ограничений портала.
• Исходные изображения и сценарии по-прежнему можно найти в архиве проекта или лаборатории.

Вестерны, гели и контраст

Не перерабатывайте кляксы для PDF-файла. Журналы и читатели следят за контрастом игры. Храните необработанные файлы в архиве лаборатории и отправляйте панели, соответствующие использована количественная оценка. Если вы меняете расположение панелей, обновите каждую текстовую панель. письмо в тот же день, а не «позже».

Фильмы и интерактивные приложения

Если журнал разрешает фильмы, размещайте их так, как указано, и ставьте еще плюс подпись в PDF. Не полагайтесь на личную ссылку на облако, которая умирает после окончания учебы.

Цифры составляют основу этих статей. LaTeX — это всего лишь рамка. Убедитесь, что кадр – это не то, что не получается в ночь перед подачей.