Pisanie badań klinicznych i grantów: prywatność, wersje robocze z możliwością śledzenia i LaTeX offline

Manuskrypty kliniczne i opisy grantów często zawierają nawet wrażliwe szczegóły zanim deidentyfikacja będzie ostateczna. Przekazywanie każdego naciśnięcia klawisza stronie trzeciej Editor jest decyzją polityczną w równym stopniu, jak preferencje dotyczące narzędzi. IRB, wykorzystanie danych umowy, a szpitalny IT nie przejmuje się tym, że edytor w chmurze był wygodny 23:00.

Ten post dotyczy pisania i składu w sposób, który możesz wyjaśnić zgodność. Traktuj to jako poradę dotyczącą przepływu pracy, a nie ocenę prawną.

Zwykłe pliki są łatwiejsze do uzasadnienia

Folder z rozszerzeniem .tex i liczbami może znajdować się na zaszyfrowanym dysku, w szpitalu obraz laptopa lub maszyny ze szczeliną powietrzną. Można wskazać zgodność na ścieżce. Projekty przeglądarek wymagają zaufania do modelu dostępu dostawcy, ścieżki eksportu i lista podprocesorów.

Oleafly jest zbudowany tak sposób celowo: brak konta, brak telemetrii produktu, projekty jak zwykłe foldery z prawdziwym repozytorium Git. Strona prywatności jest krótka, ponieważ dokument nie potrzebuje do istnienia serwera Oleafly. Sieć jest przeznaczona dla Ciebie take (pakiety, opcjonalne wyszukiwanie cytowań, hostowana sztuczna inteligencja, jeśli ją włączysz, GitHub), nie dla każdego naciśnięcia klawisza wersji roboczej.

Jeśli zasady zabraniają sztucznej inteligencji w chmurze, wyłącz asystenta lub skieruj go na lokalną osobę modelka. Edytor, pętla kompilacji i Git nadal działają.

Śledź zmiany bez korzystania z programu Word

Dostawcy PI nadal proszą o „śledzenie zmian”. W LaTeX-ie zwykle oznacza to Historia Git plus komentarze w formacie PDF od współautorów lub krótki eksport do programu Word dla pliku osoba, która nie chce niczego instalować. Zachowaj .tex jako źródło prawdy; zobacz współautorzy, którzy mówią tylko w programie Word.

W Oleafly każdy projekt jest repozytorium Git od pierwszego dnia: automatycznymi punktami kontrolnymi po udanych kompilacjach i bezczynnych edycjach, porównania obok siebie jednym kliknięciem przywróć, opcjonalny GitHub, jeśli chcesz mieć prywatny pilot. Można rozwidleć całość pakiet aplikacji do drugiego projektu (pełna historia), aby spróbować ryzykownego cięcia bez dotykania przesłanej kopii. Jeśli korzystasz z opcjonalnego asystenta AI, to punkty kontrolne przed pierwszą edycją i wprowadza zmiany tylko po zatwierdzeniu różnice.

Nazwij zatwierdzenia po celach lub sekcjach („aim2-methods-cut”), aby PI mógł przeglądać historię bez czytania różnic jak inżynier oprogramowania.

Tryb offline jest przydatny w szpitalach

Sieci kliniczne blokują losowe domeny SaaS. Lokalny kompilator ciągle pisze możliwe pomiędzy sesjami EHR. Oleafly wysyła Tectonic (i Typst) w aplikacji; pamięć podręczna pakietów po pierwszym użyciu, a tryb offline może odmówić połączenia z siecią kompilator. Sprawdzanie pisowni i gramatyka działają lokalnie w prozie (pomijają polecenia i matematyka). Są to ograniczenia, na których zwykle zależy szpitalnemu działowi IT, a więc lokalne redaktorzy badań pojawiają się często.

SyncTeX i plik PDF obok źródła mają znaczenie, gdy ustalasz limit stron na komputerze stacji pielęgniarskiej z zawodnym Wi-Fi.

Szablony, limity stron i inspekcja wstępna

Szablony w stylu NIH i szablony podstawowe dotyczą marginesów, czcionek i tytułów stron. Pakiety geometrii i czcionek mają większe znaczenie niż sprytne makra. Skompiluj do formatu PDF i sprawdzaj liczbę stron po każdej większej cięciu, a nie w noc przed portalem zamyka się. Zacznij od znanego szablonu w galerii, jeśli pasuje; nadal pasuje aktualne FOA dotyczące czcionek, marginesów i struktury (Cele szczegółowe jako jedna strona oznacza jedną stronę).

Kiedy plik PDF musi przetrwać czytnik maszynowy (życiorysy, niektóre pliki instytucjonalne). portale), inspekcja wstępna pokazuje strukturę i wyniki ekstrakcji w stylu analizatora składni zanim prześlesz. Są to heurystyczne sygnały ryzyka, które możesz odczytać i na podstawie których możesz podjąć działania.

Współpraca wielu PI

Własne pliki według sekcji lub celu. Jedna osoba jest właścicielem głównego pliku .bib lub jest współdzielona Eksport grupy Zotero. Zgadzam się, czy współautorzy edytują TeX, czy zwracają komentarze w formacie PDF. Prywatne urządzenia zdalne tylko na zatwierdzonych instytucjonalnych hostach Git, jeśli wymagają tego zasady to; nie każda wersja robocza dotacji należy do publicznego GitHuba.

Menedżerowie bibliografii

Współdzielone grupy Zotero eksportują plik .bib, który może odświeżyć wiele PI. Importuj do projektu, wklej DOI podczas dodawania nowych cytatów i sprawdź brakujące pola przed przesłaniem, aby lata nie pojawiały się jako „[?]” w złożonym pliku PDF: Walidator BibTeX. Oleafly uzupełnia i sprawdza klucze cytowań w stosunku do bibliografii projektu podczas pisania, więc są zepsute Klucze \cite pojawiają się przed dziennikiem.

Liczby i PHI

Nigdy nie umieszczaj danych pacjenta umożliwiających identyfikację na rysunkach lub podpisach przeznaczonych dla: repo, które inni mogą klonować. Użyj niezidentyfikowanych schematów. Przechowuj wszystko nieruchomo wrażliwe pod tymi samymi kontrolami, co zbiór danych klinicznych, a nie obok diagram metod publicznych.

Co to nie jest

Opcja „najpierw lokalnie” nadal podlega przeglądowi IRB, umowom o wykorzystaniu danych i deidentyfikacja. Włącz hostowaną sztuczną inteligencję lub naciśnij pilota, a niektóre bajty opuszczą maszynę zgodnie z zasadami tych usług. Zmiany wprowadzane lokalnie są ustawieniami domyślnymi ścieżka do napisania wrażliwej narracji: kontrolowany przez ciebie folder, edytor działa w trybie offline, a historię można przywrócić bez konieczności proszenia o to sprzedawcę eksport.

Praktyczna konfiguracja początkowa

1. Utwórz projekt lokalny; włącz kompilację offline po buforowaniu pakietów.
2. Zostaw sztuczną inteligencję wyłączoną, chyba że zasady i zespół uzgodnią dostawcę.
3. Prywatny pilot tylko na zatwierdzonym hoście.
4. Własność sekcji i jeden właściciel bibliografii.
5. Sprawdzanie liczby stron po każdym większym cięciu celów i strategii badawczej.

Napisz tak, jakby specjalista ds. zgodności zapytał, gdzie znajduje się projekt. Jeśli odpowiedź to „folder na zaszyfrowanym laptopie, historia Git lokalna, opcjonalnie prywatna Remote”, jesteś w lepszej kondycji niż „konto w serwisie, którego nigdy nie mieliśmy recenzowane.”