Pacotes que lutam entre si

Os pacotes LaTeX são livres para redefinir os comandos uns dos outros, e muitos o fazem deliberadamente. É assim que o hyperref transforma cada referência cruzada em um link. Isso também significa que dois pacotes podem corrigir o mesmo comando com suposições incompatíveis, e o resultado varia de um erro total como Comando \footnote já definido ou Conflito de opções para o pacote xcolor até uma saída que está silenciosamente errada. Os conflitos quase sempre surgem logo após você adicionar um pacote a um preâmbulo que estava funcionando anteriormente, o que também é a maior pista.

A ordem de carregamento é metade da batalha

Muitos conflitos são resolvidos puramente por ordem, porque o pacote carregado posteriormente recebe a última palavra. A regra mais importante: carregue o hyperref próximo ao final do preâmbulo. Ele reescreve grandes partes do mecanismo de referência cruzada do LaTeX, e os pacotes carregados depois dele podem desfazer esses patches. Uma pequena lista de exceções deve vir ainda mais tarde, e a que você realmente encontrará é cleveref, que foi projetada para ficar em cima de hyperref e deve ser carregada depois dele:

\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsmath}
% ... everything else ...
\usepackage{hyperref}
\usepackage{cleveref} % after hyperref, by design

Quando a documentação de um pacote especifica uma posição relativa a outro pacote, acredite. Essas notas existem porque alguém já atingiu o conflito que você está prestes a ter.

Pacotes obsoletos e suas substituições

Alguns conflitos surgem ao carregar um pacote morto próximo ao seu sucessor. Não combine epsfig com graphicx, subfigure com subcaption, ou os antigos shims times e mathptmx com pacotes de fontes modernos como newtxtext. Os modelos antigos são a fonte usual: eles carregam o que estava atual quando o modelo foi escrito e você adiciona o equivalente moderno por cima. Remova o obsoleto e guarde o substituto. O pacote nag pode sinalizar o uso desatualizado para você em tempo de compilação.

Conflitos de opções

Conflito de opções para o pacote X significa que o pacote foi carregado duas vezes com opções diferentes, geralmente uma vez pela sua classe de documento nas suas costas. Você não pode carregá-lo novamente com novas opções, mas pode injetar opções antes que alguém o carregue: coloque \PassOptionsToPackage{table}{xcolor} antes de \documentclass, e as opções serão mescladas em qualquer carregamento que ocorrer primeiro.

Isole com um exemplo mínimo

Quando a causa não for óbvia, construa um exemplo funcional mínimo: um documento contendo apenas \documentclass, os dois pacotes suspeitos, e um \begin{document}...\end{document} com uma linha de texto. Se o erro for reproduzido, alterne a ordem de carregamento e as opções até que isso não aconteça. Se não for reproduzido, adicione os outros pacotes ao meio até que ele retorne. Essa pesquisa binária converge em algumas compilações e fornece um par claro para pesquisar. A mesma técnica resgata preâmbulos herdados, conforme descrito em Arquivos de classe universitária que não serão compilados.