Pontos de interrogação em vez de números

Você compila e onde deveria estar uma figura ou número de equação, o PDF mostra ??. Isso não é um erro na sua fonte. É assim que o LaTeX renderiza uma referência que ainda não pode ser resolvida, e a correção geralmente é apenas compilar novamente.

Por que uma passagem não é suficiente

LaTeX lê seu documento de cima a baixo em uma única passagem. Quando encontra um \label, ele grava o número atual no arquivo .aux; quando encontra um \ref, ele procura o número no arquivo .aux escrito pela execução anterior. Em uma nova compilação não há execução anterior, então cada referência é impressa como ??. A segunda passagem lê o arquivo .aux completo e preenche os números. O compilador empacotado do Oleafly executa novamente as passagens automaticamente até que os números se acomodem, mas se você dirigir o pdflatex manualmente, a segunda compilação é seu trabalho.

Quando ?? sobrevive a uma segunda passagem

Se os pontos de interrogação persistirem, faça três verificações. Primeiro, compare a grafia em \ref com \label caractere por caractere; os rótulos diferenciam maiúsculas de minúsculas e um espaço perdido conta. Em segundo lugar, verifique onde fica o rótulo. \label registra o valor do contador pisado mais recentemente, e em um float é \caption que pisa o contador, então o rótulo deve vir depois da legenda:

\begin{figure}
  \centering
  \includegraphics[width=0.7\textwidth]{plot.pdf}
  \caption{Convergence of the estimator.}
  \label{fig:convergence}
\end{figure}

Figure~\ref{fig:convergence} shows the effect.

Um rótulo colocado antes da legenda é compilado sem reclamação, mas pega o contador errado, geralmente a seção atual, então a referência imprime um número plausível, mas errado, em vez de ??. Essa variante é pior porque é fácil de passar despercebida. Terceiro, se o arquivo .aux foi excluído no meio da execução ou uma compilação foi interrompida, os rótulos gravados podem estar incompletos; recompilar a partir de um estado limpo.

Lendo os avisos

O log informa em qual caso você está. “Havia referências indefinidas” significa que pelo menos um \ref não encontrou nada. “Os rótulos podem ter sido alterados. Execute novamente para obter as referências cruzadas corretas” significa que outra passagem corrigirá o problema. “Rótulo multiplicado definido” significa que dois comandos \label compartilham um nome, e o LaTeX usa silenciosamente um deles, então renomeie até que cada rótulo seja único. Uma convenção de nomenclatura com prefixos eq:, fig: e tab: torna as colisões raras e a fonte mais fácil de pesquisar; o próprio fluxo de trabalho da etiqueta é abordado em números e ponteiros para equações.